本計畫為5年期程之水路埤塘生態改善工法之研究計畫。計畫分年選擇宜蘭、花蓮、台東、桃園地區農田水利設施進行生態調查研究，以期建立農田水利系統恢復生態機能的研究方式、參考指標與評估模式，並針對各研究地區既有農田水利水路及埤塘設施提出恢復生態機能之改善建議方案，並比較改善前後效益。