淡水河在過了關渡後，河道逐漸變寬，在過了淡水竹圍地區後則向左岸形成一個大彎。由於河水流速減緩，使隨河水從上游沖刷而下的泥沙淤積在河道的凹處，漸漸形成沙洲沼澤區。這片沙洲緊貼著河岸，在漲潮時有三分之二區域浸在水中，但在退潮時與陸地間形成一條明顯水道。這個北寬南窄如肝臟的沙洲，就是淡水河紅樹林保留區所在區域。由於距離出海口僅5公里，因潮水漲退，淡鹹水混合，鹽度變化大，這獨特的環境成為水筆仔生長的絕佳環境。