本計畫的主要目標在依據濕地生態監測系統標準作業程序，監測地景、水質、藻類生 產力、維管束植物、浮游生物、仔稚魚、底棲動物、魚類及鳥類，建立七股潟湖與黑面琵鷺保護區這兩處國際級及國家級重要濕地的長期生態監測系統，並藉由生態模式整合分析生態環境資料，以瞭解長期生態過程與環境變遷對沿海濕地之影響。