卑南溪口濕地包括了溪流、石礫地、潮間帶、琵琶湖、活水湖及黑森林(防風林)等組成多樣化的棲地，提供生物安全的棲息環境與豐沛的食物來源，鄰近溪口的森林公園更是台東居民日常休閒的重要去處。臨海濕地的近海處擁有多處湧泉湖泊，不僅是卑南溪口濕地獨特的資源，也讓這裡成為淡水與鹹水交會共舞的生命劇場。