櫻花鉤吻鮭野生動物保護區在台中縣大甲溪流域上游的七家灣溪集水區內，以山稜、溪谷等自然地貌為界線，包括林務局大甲事業區24至37林班 (扣除24林班之1至8林班）、以及武陵農場中、北谷，南邊於七家灣溪西岸以億年橋向西延伸之山稜線為界。

保護區範圍內，考量櫻花鉤吻鮭所需之棲地環境特性與現有土地利用管制現況，依野生動物保育法之規定，規畫成核心區與緩衝區兩部份。核心區部份以七家灣溪、武陵溪、桃山西溪兩岸崖地30公尺，劃為嚴格保護之核心區﹔緩衝區則包含核心區以外之區域。