本研究自2007年12月至2010年5月期間監測嘉南藥理科技大學人工濕地的進出流水質、CO2及CH4的釋放通量、濕地植物的淨生產量及濕地底泥的碳含量，並以人工濕地單元作為生態系統進行碳通量的質量收支平衡，以進一步了解人工濕地是CO2的儲場或產生源，及估算其淨儲存或產生通量。

本研究使用金屬表面加工業的二級放流水，進行模場試驗，透過自然處理系統，以不同的濾材介質淨化工廠化學混凝槽之放流水，工法類型為表面下流動式人工濕地(Subsurface Flow System, SSF)。

濕地是地球上生產量最高的生態系之一，為了瞭解人工濕地的年總生產量與淨生產量間的變化，本研究於2009年春、夏、秋、冬四季與2010年春季，分別在大漢溪沿岸所建置之新海三期、打鳥埤與新海二期三座人工溼地，測量場址內不同淨水單元的生物群集日生產量、日呼吸量與日淨生產量，同時分析環境與生物因子之影響，並進一步推估年總生產量、年呼吸量與年淨生產量。

台灣四面環海地小人稠，經濟高度發展，造就大量的汙染，環境惡化。近年來，尤以生活污水為要，因為污水下水道建置未臻完善，家庭生活污水未妥善收集與處 理，排放量已逾55%，遠大於工業廢水及畜牧廢水。行政院環境保護署自2008辦理推動淨化河川水質、促進社區發展及提升居民生活品質，在適當地點，規劃建置人工濕地處理受污染的河川或社區生活污水。

熱帶與亞熱帶的環境可能因颱風或暴風雨形成的氾濫導致重大改變，這些天災影響人工濕地處理污染物的效能被大多數在溫帶進行的研究所忽視。因此本研究調查淡水河流域的新海橋第二期人工濕地於2007年柯羅莎(KROSA)颱風干擾前後濕地系統污染去除效能的差異，結果顯示在柯羅莎颱風干擾之前，新海二期表面流式人工濕地有效移除64.3％的生化需氧量、98.9％氨氮與39.5％的總磷。

溼地因為具有調節溫度與淨化水質的功能，加上溼地裡水生植物能夠吸收大氣中的二氧化碳，因此兼具「節能」和「減碳」的功效，再加上近年來休閒風的盛行，生態休閒與生態旅遊大行其道，為眾人所熱中。不論是自然溼地抑或是人工濕地，均能營造出優質的棲息地，供生物在其間活動與繁衍生存，是從事生態觀察活動的最佳選擇之ㄧ，可謂是小投資大獲利，因此，國內各地紛紛興起規劃人工濕地的熱潮。然而，有多少人工溼地在地方政府一頭熱中產生，卻又在無人維護管理的棄置下荒蕪。